此外以扎鲁茨基为首的乌克兰哥萨克人拥戴玛琳娜的儿子为沙皇，伺机要夺取沙皇宝座。

1614年，扎鲁茨基和玛琳娜被沙俄军队抓获。朝中贵族通过沙皇下令，将玛琳娜四岁的儿子吊死，扎鲁茨基被砍头，玛琳娜被投入监狱死于狱中。

玛琳娜是一个令人生畏的女巫。在她死后，有人诅咒罗曼诺夫家族，说沙皇下令杀死年幼的儿童必将得到报应。不想这个诅咒竟一语成谶，三百年后，少年的末代皇子阿列克谢和沙皇尼古拉二世一家遭到枪杀。

米哈伊尔登基后，开始平定沙俄内乱，对外通过谈判讨还被占领的国土。

1617年，沙俄同瑞典签订合约，瑞典将诺夫哥罗德、普斯科夫等五座城市归还给了沙俄。作为交换，沙俄被迫将环绕芬兰湾的亚姆、伊万城等五座城市割让给瑞典，沙俄不得已失去了在波罗的海的出海口。

沙俄同波兰不可能通过谈判解决问题。根本原因在于波兰国王西格蒙德三世不承认米哈伊尔是沙皇，认为他的儿子波兰王子弗拉迪斯拉夫才是沙皇。

1618年，西格蒙德三世派兵进攻莫斯科城，但被沙俄军队击退。在此后的战斗中，波兰军队受到重创，被迫放弃军事行动和沙俄谈判。

最后两国签订了为期十四年的合约，沙俄割让给波兰大片领土，波兰承认米哈伊尔为沙皇。

1619年，米哈伊尔的父亲，菲拉列特大牧首被波兰释放，回到了莫斯科。

米哈伊尔下诏规定，菲拉列特享有与沙皇同等的待遇，菲拉列特的命令等同于沙皇诏书，菲拉列特成为实际上的太上皇。

菲拉列特逐渐掌握了实权，以铁腕手段开始对沙俄实行统治。朝中贵族被排挤出了决策中心，沙俄才结束了混乱时代。

菲拉列特采取一系列措施，稳定民生，加强税收体系，通过税收充实了国库。大力鼓励同国外的贸易，关税收入成为一项主要的财政来源。

在这个危难时刻，广袤的西伯利亚为沙俄创造了大量财富，沙俄商人通过向欧洲出口昂贵的裘皮和木材获得了巨额利润，沙俄国库也因此逐渐变得充实起来。

西伯利亚对沙俄的重要性显现出来。在巩固物质基础之后，沙俄重整军队，励精图治，希望用武力夺回被占领的土地。

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